Nel pomeriggio del 25 novembre 2014 Hughes partecipò ad una sessione di allenamento per poter competere nel campionato Sheffield Shield al Sydney Cricket Ground quando venne colpito fortemente al collo nella parte inferiore dell'orecchio sinistro da una palla che aveva mancato nel tentativo di colpirla. Crollò a terra privo di sensi prima dell'arrivo dei soccorsi. Venne trasportato in ospedale per un intervento chirurgico a seguito di una dissezione dell'arteria vertebrale che portò Hughes ad un'emorragia subaracnoidea a seguito del colpo subito. Morì due giorni dopo (tre giorni prima del suo ventiseiesimo compleanno) a seguito della profondità della ferita.